Встановивши біосептик на проектне місце та перед введенням його до експлуатації, необхідно здійснити біологічний процес. Біологічному процесу очищення стічних вод необхідні мікроорганізми, які розвиваються при подачі повітря (О2) до дифузору за допомогою компресора. Таким чином біосептик аерується 3-4 дні. Потім ОС забезпечується стоками поступово, збільшуючи їх кількість щотижня. На даному етапі експлуатації не можна біосептик навантажувати великою кількістю води або побутової хімії, оскільки мікроорганізми будуть розвиватися повільно та не буде досягнута необхідна концентрація активного мулу. Натуральний приріст активного мулу може зайняти 1-2 місяці. З метою прискорення біологічного процесу до біосептику можна додати кілька вебер активного мулу з інших біологічних споруд, які вже нормально функціонують. Оскільки для біологічного очищення стічних вод необхідна подача стислого повітря, ОС типу FEL комплектуються з компресорами-повітродувками. Компресор повинен працювати безперервно та стояти в сухому, добре провітрюваному приміщенні, але подалі від житлових приміщень. Якщо компресор встановлюється ззовні, він розміщується в спеціальному склопластиковому коробі. Необхідно періодично перевіряти роботу компресора, в разі несправності вживати заходів із її усунення. Необхідно періодично перевіряти, як повітродувка працює (чи не нагрівається вона, чи не забруднені фільтри, чи не з'явилися вібрація).